Referat Badań Historycznych skupia się na trzech strategicznych kierunkach badawczych: dokumentacji niemieckiego i komunistycznego terroru, analizie mechanizmów władzy totalitarnej oraz dziejach oporu i podziemia niepodległościowego.
Głęboka analiza niemieckiego i sowieckiego terroru
Wiodącym projektem jest badanie zbrodni pomorskiej 1939 r. prowadzone przez dr. hab. Tomasza Cerana w ramach Centralnego Projektu „II wojna światowa i okupacje ziem polskich 1939–1944/45”. Równolegle dr Izabela Mazanowska dokumentuje niemiecki obóz w Potulicach 1941–1945, łącząc badania terenowe z analizą archiwaliów, by ukazać mechanizmy i skutki terroru okupacyjnego.
Mechanizmy władzy komunistycznej i życie codzienne w PRL
Prof. dr hab. Mirosław Golon w projekcie „Ponad Starostwem” bada struktury i metody PPR/PZPR w powiatach (1945–1956), natomiast Remigiusz Ławniczak analizuje rok 1945 – obecność Armii Czerwonej oraz nastroje społeczne na Kujawach i Pomorzu. Mateusz Szłapka uzupełnia te badania o temat religii i funkcjonowania Kościołów w PRL na tym terenie.
Dzieje opozycji i podziemia niepodległościowego
Dr Krzysztof Osiński i dr Przemysław Wójtowicz skupiają się na opozycji antykomunistycznej i „Solidarności” w regionie, opisując m.in. wybory 1989 r. Dr Alicja Paczoska-Hauke dokumentuje działalność Delegatury Sił Zbrojnych–Wolność i Niezawisłość (1944–1956), a dr Piotr Rybarczyk – aparat represji i proces transformacji ustrojowej 1989–1990 w dokumentach PZPR i MSW.